自2016年7月2日开始，烟台二中与公交公司合作开通了三条公交专线后，学校不断优化、增加线路。2017年3月开始，烟台二中开通七条双休日学生公交专线开通，线路覆盖六区（芝罘区、莱山区、福山区、开发区、牟平区、高新区），12辆公交大巴满载烟台二中学子踏上周末回家路。

烟台二中高新区校区距离中心城区较远，自2014年高中部面向六区招生以来，芝罘区、莱山区、牟平区、福山区、开发区、高新区六区学生每年考入烟台二中就读高中的学生，每逢周末往返时间段，往往造成附近交通拥堵，安全隐患多；更重要的是因经过学校的公交线路不多，公交车辆载人有限，家长开车接送就成了学生上下学的主要方式之一。为方便学生往返校区并保证交通安全，学校与烟台公交公司协商，开通公交专线车，解决学生往返交通问题，且沿途公交站点均可停车，方便学生就近上车。这一举措，极大地方便了学生和家长，受到了大家的广泛欢迎，今后学校将继续优化公交专线，满足更多学生的往返需求。
    现将现行学生公交专线线路公布如下：
一号线路：烟台二中高新校区——海兴路——科技大道——观海路——红旗东路——红旗中路——胜利路——环山路——毓璜顶西路——文化路——白石路——凤凰台路——电厂东路——只楚路——宫家岛公交场站。

二号线路：烟台二中高新校区——海兴路——航天路——海天路——港城东大街——观海路——二马路——南大街——只楚路——化工路——发电厂。

三号线路：烟台二中高新校区——海兴路——海澜路——滨海东路——滨海中路——银海路——清泉路——滨海北路——大马路——北马路——环海路——幸福南路——幸福路——幸福北路——福泰公交场站。

四号线路：烟台二中高新校区——创新路——海澜路——科技大道——观海路——环山路——毓璜顶西路——文化路——青年南路——红旗西路——化工路——锦绣新城


五号线路：烟台二中高新校区——海兴路——火炬大道——观海路——学院西路——双河东路——长安路——轸大路——迎春大街——港城东大街——港城西大街——青年南路——蓁山路——通世路——南通路——西南河路——北马路——海港路——火车站北广场。


六号线路：烟台二中高新校区——创新路——海兴路——火炬大道——金斗山路——金堡路——轸大路——港城西大街——河滨路——崇文街——松霞路——汇福街——福海路——衡山路——珠江路——嵩山路——长江路——幸福南路——东方花鸟市场公交站


7号线路：烟台二中高新校区——海兴路——省道302——北关大街——牟平汽车站